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ENS Cachan - Laboratoire de biologie et de pharmacologie appliquée (LBPA)

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Recherche - Valorisation

Etudes Structurales et Fonctionnelles d'Acides Nucléiques Viraux

Philippe Fossé, chargé de recherche CNRS

Présentation par Philippe FosséPhilippe Fossé (chargé de recherche CNRS)
Olivier Mauffret (directeur de recherche CNRS)
Françoise Chaminade (ingénieure d'étude CNRS)
Loussiné Zargarian (ingénieure de recherche CNRS)
Ali Bazzi (doctorant)
Yingying Chen (doctorante)
Jessica Benkaroun (étudiant master 2)

Axes de recherche

1 - Dimérisation/Encapsidation chez ALV
2 - Mécanismes du transfert de brin chez le VIH-1

Introduction

De nombreux virus pathogènes stockent leur patrimoine génétique sous la forme d'ARN génomique. En plus de leur rôle de support de l'information génétique, les ARN génomiques forment des structures qui régulent la réplication des virus. Les structures fonctionnelles correspondent souvent à des structures en tige-boucle qui sont courtes. Une structure en tige-boucle est identifiable par les méthodes de la biologie moléculaire et sa structure 3D peut être déterminée par spectroscopie RMN. Une connaissance approfondie des structures des acides  nucléiques viraux libres ou associés à des protéines doit contribuer à identifier les mécanismes moléculaires impliqués dans la réplication virale et permettre à terme de concevoir de nouveaux antiviraux. Ces dernières années au moyen des méthodes de la biologie moléculaire (mutagénèse dirigée des acides nucléiques, utilisation de protéines virales sauvages et mutées, gel retard, détermination des structures secondaires et "footprinting" au moyen des sondes chimiques et enzymatiques, etc.), nous avons identifié et étudié les structures des acides nucléiques impliquées dans : 1) la dimérisation de l'ARN génomique du virus de l'hépatite C (VHC) ; 2) la dimérisation du virus de la leucose aviaire (ALV) ; 3) le transfert de brin chez le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1).

Publications récentes

  • Zargarian, L., Kanevsky, I., Bazzi, A., Boynard, J., Chaminade, F., Fossé, P. & Mauffret, O. (2009). Structural and dynamic characterization of the upper part of the HIV-1 cTAR DNA hairpin. Nucleic Acids Res. 37, 4043-4059.
  • Ben Ali, M., Chaminade,  F., Kanevsky, I, Ennifar, E., Ficheux, D., Darlix, J.-L. & Fossé, P. (2007). Requirements for nucleocapsid protein-mediated tight dimerization of avian leukosis virus RNA. J. Mol. Biol. 372, 1082-1096.
  • Ivanyi-Nagy, R., Kanevsky, I., Gabus, C., Lavergne, J.P., Ficheux, D., Penin, F., Fossé, P. & Darlix, J.-L. (2006). Analysis of hepatitis C virus RNA dimerization and Core-RNA interactions. Nucleic Acids Res. 34, 2618-2633.
  • Kanevsky,  I., Chaminade, F. Ficheux, D., Moumen, A ., Gorelick, R., Negroni, M., Darlix, J.-L. & Fossé P. (2005) Specific interactions between HIV-1 nucleocapsid protein and the TAR element. J. Mol. Biol., 348, 1059-1077.
  • Kanevsky, I., Vasilenko, N., Dumay-Odelot, H. & Fossé P. (2003). In vitro characterization of a base pairing interaction between the primer binding site and the minimal packaging signal of avian leukosis virus genomic RNA. Nucleic Acids Res. 31, 7070-7082.